БТР-60 имеет слабо дифференцированную противопульную бронезащиту. Броневой корпус транспортёра собирался при помощи сварки из катаных листов гомогенной броневой стали толщиной от 5 до 9 мм на БТР-60П, БТР-60ПА и БТР-60ПА1 и до 11 мм на БТР-60ПБ. Большинство листов вертикального бронирования БТР-60, за исключением нижних бортовых и кормового, установлены со значительными углами наклона. Броневой корпус всех модификаций БТР-60 имел обтекаемую форму, повышавшую его водоходные качества и был снабжён складным волноотражательным щитком, укладывавшимся в походном положении на нижний лобовой лист корпуса, слегка повышая таким образом его защиту. На БТР-60П корпус не имел крыши, хотя мог закрываться брезентовым тентом для защиты от дождя. Бронирование БТР-60ПБ, на котором была несколько усилена лобовая защита, обеспечивало ему защиту от стандартной 7,62-мм бронебойной пули Б-32: в лобовой проекции — в упор, в верхнюю часть борта корпуса — с 360 метров, в нижнюю часть корпуса и корму — с 900 метров, в башню — с 270 метров[18]. На БТР-60ПБ корпус был полностью герметизирован путём введения резиновых уплотнителей на всех люках и лючках, помимо этого была введена система защиты от оружия массового поражения, состоявшая из фильтровентиляционной установки, обеспечивавшей повышенное давление внутри корпуса, препятствовавшее проникновению внутрь загрязнённого воздуха[19].
В лобовой части корпуса размещалось отделение управления, в котором, слева и справа соответственно, находились механик-водитель и командир бронетранспортёра. За ним располагалось отделение десанта, на БТР-60ПБ совмещённое с боевым. Десантники располагались в нём на деревянных поперечных скамьях. На БТР-60П имелись четыре трёхместных и одна двухместная спереди, на БТР-60ПА и БТР-60ПА1 были оставлены только трёхместные. На БТР-60ПБ были оставлены только две трёхместных скамьи, в дополнение к которым имелись два одноместных сидения спереди, расположенные по бортам корпуса. Запас плавучести машины позволял перевозить на броне через небольшие водные преграды дополнительно до 10 человек[20].
Посадка и высадка экипажа и десантников на БТР-60П осуществлялась через верх, в чём им помогали четыре откидывающихся в сторону дверцы в верхней части бортов. На БТР-60ПА и БТР-60ПА1 механик-водитель и командир получили два индивидуальных полукруглых люка над своими рабочими местами, десант же располагал двумя прямоугольными люками в крыше десантного отделения — одним в лобовой части, применявшимся также для стрельбы из пулемёта, и одним — в кормовой части с левого борта. Помимо этого, в передней части десантного отделения появились с каждого борта по три закрывающихся броневыми заслонками порта для стрельбы из личного оружия. На БТР-60ПБ верхние люки десанта располагались теперь над ним по диагонали, а в дополнение к ним появились два прямоугольных люка в верхней части бортов корпуса в районе башни. Помимо этого, в корпусе всех модификаций БТР-60 имелся целый ряд люков и лючков, служивших для доступа к агрегатам двигателя и трансмиссии и лебёдки.
Башня БТР-60ПБ была первоначально разработана в начале 1960-х годов для вооружения бронеавтомобиля БРДМ-2 и в дальнейшем башни обеих машин были полностью унифицированы между собой[12]. Башня имеет форму усечённого конуса с плоской наклонной лобовой частью и собирается при помощи сварки из катаных листов гомогенной броневой стали толщиной 7 мм. В лобовой части башни имеются три амбразуры: центральная — для пулемёта КПВТ, правая — для спаренного пулемёта и левая — для перископического прицела, закрываемые изнутри подвижной броневой маской. Башня размещалась над вырезом в крыше десантного отделения бронетранспортёра на шариковой опоре, вращение её осуществлялось вручную при помощи винтового механизма, обеспечивавшего поворот башни на 21° за один оборот маховика. Стрелок, роль которого выполнял один из членов десанта, размещался в башне на подвешенном к ней сиденье
