Первые два автобуса ЛиАЗ-5256.00 были выпущены в 1982 г. и направлены на испытания в Москву в 5-й автобусный парк. Следующая партия этих автобусов пришла в Москву в 1985 г., а в 1988—1990 г. по неофициальным данным пришло еще 64 машины. Этой модификации не суждено было стать массовой, облик московского автобуса она не определяла. Немногочисленные новые 5256.00 терялись среди тысяч ЛиАЗ-677 и Икарусов-280. У многих 5256.00 оказалась слабой тормозная система, они быстро отстранялись от эксплуатации. Часть 5256.00 прошло 1-2 капитальных ремонта на «Аремкузе» и Яхромском автобусном заводе. К 2000-м гг. подавляющее большинство московских ЛиАЗ-5256.00 было списано. По состоянию на конец 2006 г. в официальных списках подвижного состава еще числилось 3 автобуса этой модели (№ 05622, 07466 и 12150), но на деле пассажиров они уже давно не возят. Еще один автобус (№ 05354) числится как 5256.25, но имеет часть агрегатов от 5256.00, ходившего под этим же номером и пострадавшего от пожара.
Первый ЛиАЗ-5256.25 поступил в Москву (в ГУП «Мосгортранс») в 1998 г. и получил № 08202. В 1999 г. пришло около 80 новых автобусов. Некоторые из них были бело-голубыми со старым дизайном интерьеров, но большинство уже имело «тушинский» салон и бело-зеленую окраску. На автобусах 1999 г. КПП была механическая, но все последующие 5256.25 для Москвы укомплектовывались только ГМП Voith. В 2000—2005 гг. автобусы ЛиАЗ-5256.25 в Москву поставлялись массово, им суждено было стать основной моделью автобуса «большой вместимости» в Москве начала нового столетия. По состоянию на конец 2006 г., в Москве эксплуатировалось 1650 машин этой модификации. Часть машин 2002—2003 гг. выпуска имеет «ликинский» салон, все остальные — «тушинский». Массовых списаний ЛиАЗ-5256.25 пока еще не было, однако некоторые самые старые автобусы (1999-2000 гг. выпуска) уже отставлены от работы с пассажирами.
В ГУП «Мосгортранс» эксплаутируется 99 желтых ЛиАЗ-5256.2D, специально предназначенных для перевозки школьников, а также несколько обычных бело-зеленых 5256.2D и бело-голубых 5256.2R для заказных и служебных перевозок
Поскольку принято решение впредь выпускать для Москвы только низкопольные автобусы (в частности, ЛиАЗ-5293), то очень вероятно, что партия ЛиАЗ-5256.25, пришедшая весной 2005 г., может оказаться последней партией этих автобусов в Москве. ЛиАЗ-5256 — это уже морально устаревшая машина, современная для 1980-х гг., но не для 2000-х. Из-за быстрого износа и стремительного увеличения пробега в условиях столицы редкие автобусы доживают до 15-летнего возраста. Так что очень вероятно, что к 2020 г. эпоха ЛиАЗ-5256 в столице закончится.
