БТР-80 имеет слабо дифференцированную противопульную бронезащиту. Броневой корпус транспортёра собирается при помощи сварки из катаных листов гомогенной броневой стали толщиной от 5 до 9 мм. Большинство листов вертикального бронирования БТР-80, за исключением нижних бортовых и кормового, установлены со значительными углами наклона. Броневой корпус всех БТР-80 имеет обтекаемую форму, повышаюшую его водоходные качества и снабжён складным волноотражательным щитком, укладывающимся в походном положении на средний лобовой лист корпуса, слегка повышая таким образом его защиту.
В лобовой части корпуса размещается отделение управления, в котором, слева и справа соответственно, находятся механик-водитель и командир бронетранспортёра. За ним располагается отделение десанта, совмещённое с боевым. Шесть десантников в кормовой части десантного отделения располагаются в нём на двух продольных пластиковых сиденьях в центре, сидя лицом к борту. В передней части, сразу за местами механика-водителя и командира, находятся два одиночных сидения для оставшихся членов десанта, при этом правое сиденье развёрнуто по ходу машины, чтобы обеспечить возможность ведения огня, а левое, занимаемое членом десанта, в боевых условиях становящимся башенным стрелком, развёрнуто спиной к борту. Возле мест всех членов десанта, кроме башенного стрелка, в бортах имеются восемь шаровых установок с углами горизонтальной наводки от ±15 до ±25° для стрельбы из личного оружия. Шаровые установки развёрнуты в направлении передней полусферы, в результате чего задняя полусфера является мёртвой зоной для десантников, небольшая мёртвая зона имеется и спереди слева. Также, ещё два лючка для обстрела верхней полусферы, без шаровых установок, имеются в десантных люках в крыше[9][14].
На БТР-80, как и на предшественниках, имеются два прямоугольных десантных люка в крыше, однако основным средством высадки и посадки на нём служат большие двухстворчатые бортовые двери размещённые сразу за башней. Верхняя крышка бортовой двери откидывается вперёд по ходу машины, а нижняя открывается вниз, становясь подножкой, что, в отличие от предшественников, позволило посадку и высадку десанта из БТР-80 на ходу[15]. Механик-водитель и командир, как и на предыдущих моделях бронетранспортёров, имеют два индивидуальных полукруглых люка над своими рабочими местами. Помимо этого, в корпусе БТР-80 имеется целый ряд люков и лючков, служивших для доступа к агрегатам двигателя, трансмиссии и лебёдки.
